Op 1 januari 2006 is de Meststoffenwet ingrijpend gewijzigd. Het stelsel van verliesnormen is vervangen door een stelsel van gebruiksnormen en de regulerende mineralenheffingen zijn vervangen door een stelsel van bestuursrechtelijke en strafrechtelijke sancties. Deze stelselwijziging was noodzakelijk om te voldoen aan het arrest van 2 oktober 2003 van het Hof van Justitie van de Europese Gemeenschappen in de inbreukprocedure tegen Nederland wegens niet correcte uitvoering van Richtlijn nr. 91/676/EEG van 12 december 1991 inzake de bescherming van water tegen verontreiniging door nitraten uit agrarische bronnen, PbEB L 375, hierna de Nitraatrichtlijn (HvJ 2 oktober 2003, zaak C-322/00). Volgens het Hof was het toen geldende stelsel van regulerende mineralenheffingen (Minas) geen toereikend instrument om aan de doelstellingen van de Nitraatrichtlijn te voldoen. Voorts is eveneens met ingang van 1 januari 2006 het stelsel van productierechten vereenvoudigd, hetgeen inhoudt dat de mestproductierechten zijn komen te vervallen en uitsluitend de varkens- en pluimveerechten in vereenvoudigde vorm blijven voortbestaan.