De Rijksrecherche is van oudsher een opsporingsinstantie met een speciale taak. Zij richt zich op de opsporing van door (semi)overheidsfunctionarissen gepleegde misdrijven. Niet al de door deze functionarissen gepleegde misdrijven worden door de Rijksrecherche onderzocht. Dat zou alleen al om puur capacitaire redenen niet doenlijk zijn. Het werkterrein van de Rijksrecherche is dan ook al sinds jaar en dag afgebakend. Het doel van deze aanwijzing is te waarborgen dat de Rijksrecherche vooral opereert op het terrein van de strafbare gedragingen die in ernstige mate de integriteit van de rechtspleging en de integriteit van het openbaar bestuur
raken. Dientengevolge zal de Rijksrecherche niet worden belast met disciplinaire ( integriteits)onderzoeken.
De Rijksrecherche verricht alleen feitenonderzoeken en opsporingsonderzoeken. Voor de feitenonderzoeken geldt dat het moet gaan om onderzoeken naar gedragingen waar een strafrechtelijk of strafvorderlijk aspect aan kleeft. Een dergelijk onderzoek kan al worden ingesteld in een stadium dat er nog geen redelijk vermoeden van schuld opleverende aanwijzingen zijn voor strafbaar gedrag. Met een feitenonderzoek wordt niet meer en ook niet minder beoogd dan het op een rijtje zetten van de feiten. Daartoe kunnen geen opsporingsbevoegdheden of dwangmiddelen worden toegepast. Een feitenonderzoek kan worden gevolgd door een opsporingsonderzoek.
De Rijksrecherche verricht uitsluitend opsporingsonderzoeken naar misdrijven; voor overtredingen wordt de Rijksrecherche niet ingeschakeld. Zowel de resultaten van een feitenonderzoek als de resultaten van een opsporingsonderzoek kunnen - met toestemming van het OM - worden gebruikt voor een disciplinair onderzoek, met inachtneming van de geldende privacyregelgeving.
Krachtens een besluit van het College van procureurs-generaal van 16 januari 2001 wordt op één centraal punt over de inzet van de Rijksrecherche besloten door de zogenaamde coördinatiecommissie Rijksrecherche (CCR). De CCR bestaat uit de portefeuillehouder Rijksrecherche binnen het College van procureurs-generaal, de hoofdofficier van justitie van het Landelijk parket en de directeur Rijksrecherche.
De CCR wordt bijgestaan door de coördinerend officier van justitie rijksrecherchezaken ( COvJ- RR). Deze is het dagelijkse aanspreekpunt voor het Openbaar Ministerie. De CCR bepaalt het beleid voor de inzet van Rijksrecherche, is bevoegd te beslissen tot inzet in concrete situaties en toetst periodiek de praktijk van inzetten van de Rijksrecherche door het openbaar ministerie. De dagelijkse uitvoering van de inzet van de Rijksrecherche berust bij de Directeur Rijksrecherche (tevens CCR-lid).
Naast de landelijk coördinerend officier van justitie zijn er tevens per parket vaste Rijksrechercheofficieren aangewezen. Zij zijn de vaste aanspreekpunten voor de CovJ- RR.